El C.E.PR. Francisco Baños está situado en la barriada de Arrayanes, en la zona norte de la ciudad de Linares. Fue fundado en 1990 como colegio independiente, ya que  antes de esta fecha funcionó como anexo del Colegio  Los Arrayanes. En la época de los 90 hubo un aumento de población y por tanto de natalidad por lo cual    la Consejería de Educación  vio la necesidad de  la creación de este nuevo centro de manera independiente  y así se hizo.

El edificio en el que se encuentra este colegio fue construido en 1970 junto a otros  edificios que sirvieron como pilares para el de desarrollo del barrio de Arrayanes. El edificio   tiene una estructura algo diferente a los colegios tradicionales ya que  fue construido para desempeñar una actividad diferente a la actividad educativa .  Originalmente estaba diseñado para desempeñar la función de mercado de abastos , aunque  nunca llego a funcionar como tal y si como colegio.